18 września 1999 trzy Państwa Założycielskie – Dania, Niemcy i Polska – wciągnęły flagi na maszty w Koszarach Bałtyckich, siedzibie Korpusu w Szczecinie. Od tego czasu Korpus bardzo się rozwinął. W roku 2005, podczas ćwiczenia Compact Eagle osiągnął Pełną Gotowość Operacyjną i już w 2007 jego personel wziął udział w misji w ramach Międzynarodowych Sił Wsparcia Bezpieczeństwa (ISAF) w Afganistanie.
Wraz z kolejnymi krajami przyjmowanymi w jego szeregi zmienił się również wielonarodowy charakter Korpusu. Od kwietnia 2004 w Kwaterze Głównej powiewają flagi Estonii, Litwy i Łotwy. W styczniu 2005 do Korpusu przystąpiła Słowacja, a w październiku 2005 – Czechy. Flaga Stanów Zjednoczonych została wciągnięta na maszt w listopadzie 2006 zaznaczając amerykańskie uczestnictwo w Korpusie. W lipcu 2008 pierwsi oficerowie rumuńscy przybyli do Kwatery. W sierpniu 2009 do współpracy przystąpiła Słowenia. W styczniu 2012 dwunastym krajem członkowskim została Chorwacja. W lipcu 2013 do Korpusu dołączyły Węgry. Szwecja, która nie była wtedy członkiem NATO, jesienią 2014 wysłała do Koszar Bałtyckich swojego przedstawiciela. W 2015, służbę rozpoczęli w Szczecinie oficerowie brytyjscy, tureccy, francuscy i holenderscy.