W kolejnym sezonie 2000/01 zespół brał udział w rozgrywkach V ligi międzyokręgowej (Krosno-Jarosław). W sezonie 2004/05 zajął drugie miejsce w V Lidze Jarosławskiej, a w 2005/06 został mistrzem ligi i zdobył awans do IV ligi. Przed sezonem 2007/08 piłkarska centrala ogłosiła reorganizację rozgrywek. W jej ramach zwiększona została ilość drużyn startujących w zawodach od I do IV ligi. Dla Orła oznaczało to, że ma szansę włączyć się do walki o 5 czy 6 miejsce w nowej (od jesieni 2008 r.) III lidze lubelsko – podkarpackiej (D3). Ostatecznie rywalizację w IV lidze zakończył na 3 miejscu i dzięki temu znalazł się w gronie 8 drużyn z podkarpackiego związku, które w sezonie 2008/09 zagrały w III lidze lubelsko – podkarpackiej. W 2008 roku po raz pierwszy w historii klubu Orzeł zdobył puchar Polski na szczeblu okręgu jarosławskiego. Jednak nie utrzymał się na trzecim szczeblu rozgrywek i po sezonie 2008/09 ponownie grał w IV lidze. Po 3 latach w 2012 klub ponownie uzyskał awans do III ligi lubelsko-podkarpackiej, w której występował przez następne 4 sezony. W sezonie 2016/17 zespół ponownie grał w IV lidze, ale po zakończeniu sezonu został zdegradowany do klasy okręgowej. Po roku nieobecności wrócił w 2018 do IV ligi. Ale znów nie utrzymał się w niej i spadł z powrotem do klasy okręgowej.