Osiągnięcia tego okresu to II miejsce z Polonią Warszawa w mistrzostwach stolicy w roku 1942, wygranie turnieju XV-lecia klubu z udziałem Polonii, Grochowa, Korony i zespołu gospodarzy, a także pokonanie w 1943 reprezentacji Piaseczna 4:2, przy czym w drużynie przeciwnika grała wówczas nieomal cała reprezentacja Krakowa. Ponadto należy podkreślić stały udział zawodników Okęcia w reprezentacji Warszawy. Wkrótce po zdobyciu stolicy przez wojska sowieckie, a więc po 17 stycznia 1945, Klub Sportowy Okęcie wznowił działalność. Ograniczone możliwości sprawiły, że poprzestano na piłce nożnej. Wobec zniszczenia przez okupanta przedwojennego boiska rozpoczęto działalność na byłym boisku Klubu Sportowego „Okęcianka”. Znajdowało się ono na rogu Alei Krakowskiej i ul. Hynka. Później młodzież własnymi rękami zamieniła teren zajęty w czasie okupacji przez działki w boisko sportowe.
25 marca 1945 na boisku AZS na Pradze odbył się pierwszy w wyzwolonej Warszawie mecz, podczas którego spotkały się drużyny RKS Okęcie i Polonii Warszawa. Dał on początek organizowanemu corocznie przez Okęcie turniejowi piłkarskiemu 17 stycznia. W każdym kolejnym turnieju oprócz drużyny Okęcia występował również zespół stołecznej Polonii.