Zmarł po krótkiej chorobie, którą za późno rozpoznanoFranciszek Bieda, "Józef Grzybowski" [w:] Polski Słownik Biograficzny tom IX wyd. 1960-1961 s. 107-108. Zachorował na wrzód w gardle i sądzić można było, że opieka lekarzy tę lekką na pozór chorobę rychło usunie. Nagle nastąpiło wszakże niespodziewane dla otoczenia pogorszenie i sztuka lekarska nie mogła już widocznie przynieść ratunkuWładysław Szajnocha "Prof. dr Józef Grzybowski 1869—1922 Rys życia i prac naukowych." wyd. 1922. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (pas 15, płd.). mały|Grób prof. Józefa Grzybowskiego Był badaczem otwornic, pionierem zastosowania w geologii złóż, zwłaszcza w stratygrafii warstw roponośnych, danych mikropaleontologicznych (otwornic). W latach 1895–1905 ogłosił kilka prac z tego zakresu: Mikrofauna karpackiego piaskowca spod Dukli, Otwornice warstw inoceramowych okolic Gorlic, Otwornice czerwonych iłów Wadowic, Otwornice pokładów naftonośnych okolic Krosna. Odbył wiele zagranicznych podróży naukowych i w charakterze eksperta-geologa naftowego m.in. do Ekwadoru. Przebywał kilka razy na Kaukazie w latach 1916-17 wykonał dla rządu tureckiego badania obszarów roponośnych Mezopotamii, a w latach 1919-21 pracował we Włoszech - w Apeninach, Ligurii, Kalabrii. Grzybowski był założycielem i organizatorem stworzonego w 1912 r.