Dwudziestopięciometrowe przejście zasypane było gruzem, prace oczyszczające trwały cztery lata). Krypta grobowa zbudowana została poniżej poziomu podstawy piramidy. Schody łączące kryptę ze świątynią to dwa biegi po 26 i 23 stopnie. W dolnej części tej wewnętrznej klatki schodowej znaleziono 6 szkieletów ludzkich (najprawdopodobniej zabitych podczas ceremoniału pogrzebowego) oraz naczynia i dary. Wejście do krypty zamyka płyta kamienna w kształcie trójkąta. Sama krypta ma wymiary 9 × 3 m i wysokość 6,6 m. Ściany krypty są ozdobione stiukowymi dekoracjami przedstawiającymi dziewięć postaci kapłanów lub jak sądzą inni badacze bóstw nocy. Wewnątrz krypty znaleziono sarkofag ze szkieletem Pakala Wielkiego, władcy Palenqué zmarłego w 683 roku. Twarz władcy przesłonięta była jadeitową maską. W sarkofagu znaleziono także wykonane z jadeitu ozdoby (bransolety, pektorał). Ściany sarkofagu pokrywają hieroglify z datą 633. Płyta wierzchnia pokryta jest reliefem wyobrażającym postać mężczyzny spoczywającego na masce boga ziemi i śmierci. Wykuty wizerunek ptaka Moan symbolizuje śmierć. Mężczyzna spogląda na krzyż Majów zakończony ciałami węży. Obramowanie reliefu wykonane zostało jako pas z wyobrażeniami Słońca, Księżyca, planety Wenus i sześciu głów ludzkich.