Wybuch zdetonowanych min zniszczył całkowicie sklepienie dolnego kościoła i znajdującą się bezpośrednio nad nim kaplicę, uszkodził częściowo prezbiterium głównego ołtarza i górną część ambony, spowodował znaczne uszkodzenia stropu kościoła i witraży okiennych oraz doszczętnie zrujnował organy. Stopiły się dwa dzwony, trzeci okupanci zarekwirowali.
W okresie okupacji gromadzący tłumy wiernych kościół nawiedzali także ukrywający się Żydzi. Jeden z nich, Michał Zylberg, wspominał spędzony u Zbawiciela Jom Kipur w 1943: w pewnym momencie do garstki pogrążonych w skupieniu Izraelitów wyszedł ksiądz i zmówił modlitwę w intencji prześladowanych.
Podczas II wojny światowej posługę w parafii pełnił m.in. ks. Ignacy Subera.
Po zakończeniu wojny dzięki energii i staraniom ówczesnego administratora parafii ks. kanonika Konstantego Pogorzelskiego szybko zostały podjęte prace przygotowawcze do odbudowy zniszczeń według projektu architekta Wiesława Konowicza. Szczęśliwie nie zrealizowano planu dostosowania restaurowanego kościoła do zabudowy MDM. Nabożeństwa przeniesiono do ocalałego domu parafialnego na ulicy Mokotowskiej 13 – wykorzystując w tym celu salę widowiskową na której urządzono ołtarz (mieści się tam od 1949 Teatr Współczesny).