Podobieństwo nazwy nowej wspólnoty do nazwy PNKK w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie stało się przedmiotem publicznego sporu. W liście z 4 maja 2007 Pierwszy Biskup Robert M. Nemkovich, występując w imieniu Rady Głównej amerykańskiego PNKK, odmówił uznania warszawskiej organizacji za część swojego Kościoła, sprzeciwił się używaniu przez nią nazwy i symboliki PNKK oraz wskazał Kościół Polskokatolicki jako Kościół siostrzany. Rada PNKK w RP odpowiedziała, że nazwa została zatwierdzona przez polskie władze, a statutowym celem wspólnoty jest przyszła jedność z PNKK w USA i Kanadzie, nie zaś twierdzenie o istniejącym podporządkowaniu jurysdykcyjnym.
Równolegle PNKK w RP nawiązał kontakty ze Światową Radą Narodowych Kościołów Katolickich (World Council of National Catholic Churches, WCNCC). Według opracowania Sławomira Pawłowskiego wspólnota związała się z tą organizacją w 2007.
Próby zbliżenia z PNKK w USA i Kanadzie (2009–2012) Mimo sporu z 2007 w następnych latach podjęto ponowne rozmowy. W 2009 Pierwszy Biskup PNKK w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie udzielił bp. Sylwestrowi Bigajowi pełnomocnictwa do opieki nad grupami w Polsce zainteresowanymi związkiem z amerykańskim PNKK;