15 września 2013 Jerzy Rybka przyjął konsekrację biskupią z rąk hierarchów związanych ze Światową Radą Narodowych Kościołów Katolickich. Wydarzenie to utrwaliło odrębny kierunek rozwoju PNKK w RP i zakończyło okres prób zbliżenia całej organizacji z PNKK w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie.
Działalność po 2013 Po 2013 PNKK w RP rozwijał własne struktury parafialne i utrzymywał relacje ze Światową Radą Narodowych Kościołów Katolickich. W opracowaniu z 2022 liczbę jego wiernych szacowano na około 1200 osób skupionych w dziewięciu parafiach, co odpowiadało wielkościom przekazywanym w tym okresie GUS.
W pierwszych latach działalności główną rolę organizacyjną odgrywali Tomasz Rybka i Jerzy Rybka. W aktualnym wykazie MSWiA jako administrator Kościoła figuruje bp Stanisław Będzieszak, a jego siedzibą pozostaje Warszawa. Oficjalne strony PNKK w RP i regionu św. Metodego WCNCC wskazują, że wspólnota nadal należy do tej organizacji międzynarodowej.