Po wybuchu powstania udał się do Petersburga po potrzebne fundusze i mapy sztabowe. W kwietniu 1863 roku przebywał w Warszawie, gdzie wszedł do Wydziału Wojny Rządu Narodowego jako referent. W czerwcu został komendantem wojskowym miasta Warszawy. mały|lewo|Jan Koziełł-Poklewski przed powstaniem W sierpniu został naczelnikiem wojennym województwa augustowskiego. Objął też naczelnictwo wojskowe województwa grodzieńskiego i 15 grudnia 1863 roku został dowódcą III Korpusu wojsk powstańczych. Wyjechał do Belgii, gdzie zakupił 3000 karabinów i małokalibrowe działka. W międzyczasie ustały działania powstańców w powierzonym mu regionie. Bezczynnie oczekiwał w Prusach na belgijskie dostawy. W kwietniu 1864 roku wyjechał przez Drezno do Paryża. W czasie wojny francusko-pruskiej 1870–1871 dowodził brygadą piechoty, sformowaną w Wandei.
Przeżył chwile załamania, gdy poprosił o rosyjski paszport i przyjechał do Królestwa Polskiego. Tu w 1872 roku jednak został wbrew obietnicom przez Rosjan aresztowany i postawiony przed Komisją Śledczą, przed którą złożył obszerne zeznania i deklarację wiernopoddańczą. Skazany na wieloletnie zesłanie do Ałma-Aty.
Bibliografia Eligiusz Kozłowski, Koziełł-PokIewski Jan, pseud. Skała, Jakub, Hlebowicz (1837-1896), Polski Słownik Biograficzny, t. 14. Wrocław-Warszawa-Kraków 1968-1969, s.