Złotym wiekiem w historii Bartoszyc był wiek XVI, jak również XVII. Miasto zaznaczyło rozwój we wszystkich dziedzinach życia gospodarczego i społecznego. Zyskało miano drugiego miasta po Królewcu w Prusach Książęcych.
W 1432 r. liczba mieszkańców wynosiła 1500, w sto lat później jest już 4000. Świadectwem znaczenia miasta jest fakt, że w 1656 zjechali się tutaj król szwedzki Gustaw Adolf oraz książę pruski Fryderyk Wilhelm I, natomiast w 1661 w Bartoszycach obradował Sejm Pruski. W 1680 roku miasto zostało sklasyfikowane jako pierwsze pod względem rozwoju gospodarczego wśród 48 miast pruskich. W Bartoszycach i okolicach do 1945 roku posługiwano się dialektem języka dolnoniemieckiego – dialektem dolnopruskim z jego lokalną odmianą, gwarą Natangisch-Bartisch.
Zmierzch potęgi Rzeczypospolitej w XVIII wieku odbił się bardzo niekorzystnie na sytuacji gospodarczej Bartoszyc. W latach 1788 i 1850 miasto nawiedziły duże pożary.
W 1742 w mieście utworzono superintendenturę Kościoła ewangelickiego, która następnie w połowie XIX została połączona z superintendenturą frydlandzką. Zadaniem superintendenta z Bartoszyc był nadzór podlegających mu parafii oraz szkół.