Przebudowy od XVII do XIX wieku Między 1607 a 1625 rokiem budynek rozbudowano o renesansową część z przedsionkiem, nawą dla kobiet i galerią. Autorem rozbudowy był Juda Coref de Herz, który uczestniczył także w budowie Synagogi Maisela. Ponieważ pomieszczenia synagogi znajdują się poniżej poziomu otoczenia, budynek wielokrotnie zmagał się z wilgocią i powodziami.
W drugiej połowie XVIII wieku szkody spowodowane zalaniem wymagały barokowej przebudowy bimy i aron ha-kodesz. W 1793 roku praski finansista i przemysłowiec Joachim von Popper podarował synagodze kutą kratę z motywem średniowiecznego żydowskiego kapelusza w Gwieździe Dawida, ówczesnym znaku praskiego getta.
W 1860 roku podłogę w przedsionku i głównym pomieszczeniu podniesiono o około półtora metra, aby ograniczyć szkody powodowane przez powodzie. Pierwotna bima znalazła się pod nasypem, a renesansowy portal zamurowano. Zmieniono również układ miejsc siedzących, a wnętrzu nadano charakter neoromański.
Historia współczesna Podczas II wojny światowej synagoga służyła jako magazyn żydowskich przedmiotów liturgicznych, których po zakazie nabożeństw jesienią 1941 roku nie można już było używać w praskich synagogach.