Patriarcha zażądał przyjęcia przez nich przedchalcedońskiej doktryny i rytu antiocheńskiego, przez co Malankarczycy posługują się od tej pory obrządkiem zachodniosyryjskimThe Malankara Orthodox Syrian Church - history.
W 1772 roku, z powodu nieporozumień z patriarchą syryjskim, doszło do schizmy i utworzenia Niezależnego Kościoła Malabarskiego.
Kolonizatorzy angielscy usiłowali sprotestantyzować Kościół, co doprowadziło do rozłamu i powstania w 1889 roku anglikańskiego Kościoła Mar Toma, z obrządkiem indyjskim.
Na przełomie XIX i XX wieku podejmowano próby uniezależnienia od Kościoła syryjskiego, co doprowadziło do rozłamu w 1912 roku i do ponownego zjednoczenia w 1958 roku. W 1975 roku dokonał się jednak ostateczny podział, przez co Kościół stał się samodzielny, a jego część nadal uznająca zwierzchnictwo patriarchy syryjskiego utworzyła Malankarski Syryjski Kościół Ortodoksyjny, będący integralną częścią Syryjskiego Kościoła Ortodoksyjnego.
W 1930 część Kościoła zawarła unię z Rzymem i utworzyła Kościół Syromalankarski.
Struktura Głową Kościoła jest Katolikos Wschodu i Metropolita Malankarskiego Kościoła Ortodoksyjnego, którego funkcję sprawuje obecnie Baselios Marthome Mathews (Mateusz) III.
Zobacz też Chrześcijanie św.