W okolicach 550 miasto zostało zaatakowane i złupione, o czym świadczą uszkodzenia stworzonych przed tą datą pomników oraz budynków. Nie jest pewne kto był napastnikiem, mógł to być Tikál, chcący wyrwać Copán spod wpływów Teotihuacánu, lub Calakmul, wieloletni przeciwnik Teotihuacánu i Tikálu. Konflikt ten dotknął też Quiriguę, wasalne miasto Copánu, które na pewien czas wyludniło się. Wydarzenie to jest zapewne przyczyną, dla której informacje o królach sprzed tej daty są nikłe.
Późna epoka klasyczna i szczytowy okres potęgi (578–738) Okres na przełomie wczesnej i późnej epoki klasycznej odznaczał się znacznym wzrostem populacji państwa, wskutek czego cała dostępna ziemia w dolinie rzeki Copán została zagospodarowana. Pierwszym władcą późnej epoki klasycznej był K’ahk’ Chan Yopaat, który objął tron w 578 i rządził przez 49 lat do swojej śmierci 5 lutego 628. Prawdopodobnie doprowadził on do rozszerzenia swojego władztwa, gdyż na pobudowanej przez niego Steli P znajduje się symbol miasta Los Higos. Sugeruje to, że Copán miał nam nim władzę.