W 2013 powołany na stanowisko rzecznika prasowego Ministerstwa Spraw Zagranicznych. W sierpniu 2015 został mianowany ambasadorem nadzwyczajnym i pełnomocnym RP na UkrainiePostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 5 sierpnia 2015 r. nr 110.63.2015 w sprawie mianowania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej (). w miejsce Henryka Litwina. Nie objął jednak tego stanowiska, gdyż po zmianie rządu postanowienie o jego nominacji zostało uchylone w grudniu 2015Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 14 grudnia 2015 r. nr 110.78.2015 w sprawie uchylenia postanowienia Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej w sprawie mianowania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().. Podjął natomiast pracę na placówce w Mińsku jako radca odpowiedzialny za kontakty z mediami, a następnie jako zastępca ambasadora tamże. W październiku 2020, po ochłodzeniu relacji polsko-białoruskich i wezwaniu do Warszawy na konsultacje ambasadora Artura Michalskiego, Marcin Wojciechowski jako chargé d’affaires przejął kierownictwo placówki. W styczniu 2024 zakończył misję w Mińsku, po czym podjął pracę w centrali MSZ.
Odznaczenia i wyróżnienia W 2010 został laureatem Nagrody Pojednania Polsko-Ukraińskiego. W 2011 odznaczony ukraińskim Orderem „Za zasługi” III stopnia.