Odznaczenia i wyróżnienia Został odznaczony Brązowym (2000)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 17 sierpnia 2000 r. o nadaniu odznaczeń (). i Złotym (2015)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 8 grudnia 2015 r. o nadaniu odznaczeń (). Krzyżem Zasługi.
W 2000 otrzymał Nagrodę Historyczną „Polityki” w dziedzinie prac naukowych i popularnonaukowych za książkę Tak było w Bieszczadach. W 2015 jego książka pt. Na białych Polaków obława. Wojska NKWD w walce z polskim podziemiem 1944–1954 została nominowana do Nagrody Literackiej i Historycznej Identitas.
Był nominowany do Nagrody Historycznej im. Kazimierza Moczarskiego za książki Od rzezi wołyńskiej do akcji Wisła. Konflikt polsko-ukraiński 1943–1947 (2012) oraz Wołyń ’43 (2017). Nagrodę tę otrzymał natomiast w 2024 za publikację Akcja „Wisła” ’47. Komunistyczna czystka etniczna
Dwukrotnie otrzymał Nagrodę im. Jerzego Giedroycia: w 2014 za współtworzoną książkę Wojna po wojnie. Antysowieckie podziemie w Europie Środkowo-Wschodniej w latach 1944–1953, a w 2024 za monografię Akcja „Wisła” ’47. Komunistyczna czystka etniczna. Za drugą z tych publikacji w 2025 przyznano mu także Nagrodę im. Jerzego Turowicza.