Kościół Mar Thoma jest orientalnym Kościołem indyjskim, który swego czasu zreformował się na wzór Kościoła anglikańskiego, co było wynikiem wpływu misjonarzy anglikańskich na indyjskich chrześcijan św. Tomasza w XVIII wieku. Jest niezależnym, autokefalicznym Kościołem w pełnej komunii ze Wspólnotą Anglikańską i Kościołami starokatolickimi zrzeszonymi w Unii Utrechckiej.
Historia Historia tego Kościoła zaczęła się w tym samym czasie, co historia Ortodoksyjnego Kościoła Malankaru. Do przybycia Portugalczyków do Indii w XV wieku, chrześcijanie św. Tomasza stanowili jeden Kościół, który był monolitem – nie powstawały w jego łonie schizmy i herezje. Dopiero wysiłki ze strony misjonarzy europejskich pragnących za wszelką cenę Kościół indyjski zlatynizować, doprowadziły do pierwszych pęknięć, a potem niesnasek, kłótni, podziałów.