W okresie do roku 1994 nastąpiła modernizacja struktury zarządzania uniwersytetem, przy której wprowadzaniu istotne zasługi poniósł ówczesny kanclerz uniwersytetu Alfred Post.
Obecnie większość wydziałów jest podzielona na instytuty. Inne struktury występują na Wydziałach Gospodarki, Prawa oraz Leśnictwa, Geologii i Hydrologii. Poza tym uniwersytet obejmuje 5 Instytutów Stowarzyszonych i 13 Ośrodków Pomocniczych. Od połowy lat dziewięćdziesiątych XX wieku na nowo urządzono szereg budynków instytutów i sal wykładowych, inne zostały gruntownie wyremontowane. Rozpoczęto także rozbudowę kampusu w kierunku południowym i wschodnim, dzięki czemu do najnowocześniejszych pomieszczeń mogły wprowadzić się Wydział Informatyki oraz Wydział Przyrodniczy (chemia, biologia).
W roku 2003 uniwersytet obchodził jubileusz 175-lecia, podczas którego poświęcono nowy Budynek Główny Biblioteki Krajowej i Uniwersyteckiej na terenie Kampusu Głównego. Jednocześnie miało miejsce utworzenie Dresden International University.
Profil i znaczenie uczelni
W ramach specjalnego rządowego programu finansowania przodujących uczelni niemieckich (niem.