W 2001 przeszedł na emeryturę, ale do 2010 kontynuował działalność dydaktyczną w Krakowskiej Akademii im. A. Frycza-Modrzewskiego.
Był autorem ok. 250 prac naukowych, książek popularnonaukowych, monografii i opracowań encyklopedycznych, w tym oryginalnych artykułów z zakresu dziejów kultury i cywilizacji: Strach w XVI wieku: nowe wzorce osobowe (1976), Czas dalekich podróży (1993) czy też Książęta i żebracy (1995), oraz biografii czołowych polityków europejskich drugiej połowy XVI wieku: Henryka Walezego, Elżbiety Wielkiej i Jana Zamoyskiego. Jak pisał: „Forma biografii była zawsze dla mnie szczególnie pociągającą, głównie ze względu na tkwiącą w niej szansę rehumanizacji historii, walory literackie oraz możliwość całościowego ukazania różnorodnych aspektów ludzkiej działalności”. Był również twórcą „pomnikowych syntez historii wczesnonowożytnej (...) Dziejów Polski i Litwy (1506–1648) i Narodzin Świata Nowożytnego (1453–1605)”. W zbiorczej monumentalnej Historii Europy wydanej w 1997 pod red. A. Mączaka opracował części poświęcone historii Wysp Brytyjskich, Francji, Niderlandów i Włoch, a także dziejom kultury europejskiej. Był ponadto członkiem kolegium redakcyjnego Dziejów Narodu i Państwa Polskiego, a także autorem dwóch tomów tej serii.