Konstrukcja i kompozycja powieści Kompozycja powieści jest poddana zasadzie symetrii – rozpoczyna ją wstęp, zarysowujący akcję i zakończenie, a zamyka podsumowujący epilog. Krytycy chwalili również przejrzystość ukazywania wydarzeń. Jednak dla przekazania warstwy ideowej powieści Prus był zmuszony naruszyć niejednokrotnie kompozycję, poświęcając niektórym wydarzeniom więcej miejsca, niż wynikałoby to z ich znaczenia dla akcji. Taka sytuacja dotyczy m.in. wykładu Pentuera i podróży bohatera po nomach – są to wydarzenia opisane bardzo dogłębnie, choć pozbawione większego znaczenia dla samego rozwoju fabuły. Podobnie szeroko opisał Prus pogrzeb Ramzesa XII. Nie odgrywa on istotnej roli dla akcji, ale stanowi okazję do opisania wierzeń i religijności Egipcjan. Gatunek
Faraon jest przede wszystkim powieścią historyczną, ale autor korzysta także z innych konwencji gatunkowych. Duża część powieści opiera się na schemacie romansu wychowawczego – typu powieści, w którym główny bohater zdobywa doświadczenie i wiedzę, czerpiąc z nauk starszego mentora i komentowanych przez niego obserwacji otoczenia. Taką właśnie postać ma przygotowanie Ramzesa do objęcia władzy nad Egiptem, przy czym roli nauczyciela nie pełni jedna osoba, a kilku przedstawicieli kasty kapłańskiej.