W konsekwencji razem ze swoim nowo powołanym duszpasterzem zostali ekskomunikowani za nieposłuszeństwo wobec decyzji arcybiskupa oraz za odprawienie 25 grudnia 2005 roku mszy świętej w miejscu obłożonym interdyktem kościelnym.
Parafia niezależna 29 grudnia 2005 roku arcybiskup Raymond Leo Burke swoim dekretem skreślił placówkę z listy podległych mu parafii rzymskokatolickich. Od 6 stycznia 2006 roku przestała ona być oficjalnie pod jurysdykcją archidiecezji St. Louis i tym samym Kościoła rzymskokatolickiego. Na funkcje duszpasterskie dla wiernych języka polskiego wyznaczono parafię rzymskokatolicką św. Agaty w St. Louis, której proboszczem został Czesław Litak. Parafianie z parafii św. Stanisława Kostki, którzy znaleźli się poza Kościołem katolickim złożyli na akt ekskomuniki odwołanie do Stolicy Apostolskiej. Nie otrzymali jednak na nie odpowiedzi. 31 maja 2008 roku Stolica Apostolska podtrzymała ekskomunikę Marka Bożka i sześciu członków Rady Dyrektorów. Archidiecezja St. Louis wytoczyła natomiast parafii sprawę w sądzie cywilnym o majątek kościelny.