Przełom w sytuacji słowackiej cerkwi greckokatolickiej przyniósł dopiero rok 1989. Władze państwowe przestały przeszkadzać cerkwi w działalności. Cerkwi greckokatolickiej zwrócono ostatnie cerkwie zabrane w 1950 i resztę majątku (którego zresztą cerkiew wobec niedostatku wiernych niejednokrotnie nie jest do dziś w stanie zagospodarować). Ponownie otwarto greckokatolickie seminarium duchowne w Preszowie, które po krótkim czasie włączono do Uniwersytetu Preszowskiego jako wydział teologii. 17 lutego 1990 dotychczasowy administrator diecezji preszowskiej ks. Ján Hirka odebrał święcenia biskupie.
Po rozpadzie Czechosłowacji 18 stycznia 1996 z dotychczasowej wielkiej eparchii preszowskiej wyłączono Czechy i Morawy, gdzie powstał egzarchat apostolski dla grekokatolików. 27 stycznia 1997 Stolica Apostolska utworzyła egzarchat apostolski dla grekokatolików w Koszycach. Administratorem apostolskim został dotychczasowy preszowski biskup pomocniczy Milan Chautur.