Po chwili zatrzymali się, wepchnęli księdza Stanisława do środka i odjechali.
W więzieniu w Jaśle przebywał sześć tygodni, był przesłuchiwany i katowany, czego dowodem była pokrwawiona i poszarpana bielizna księdza odebrana z więzienia przez rodzinę. Następnie został przewieziony transportem z Krakowa 5 kwietnia 1941 do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau, gdzie otrzymał numer 11397 i tam więziono go kolejne 4 tygodnie. Rodzina księdza oraz jego przyjaciele i wierni z Kobylan podejmowali próby ratowania kapłana, ale zamiary te nie powiodły się. W czasie próby uwolnienia, ksiądz Kołodziej napisał list z Auschwitz do swojej matki w którym były słowa: „serwońskiemu się poprawiło”. W celi, w której przebywał, widnieje do dziś dnia wydrapany napis na ścianie „ks. Stanisław Kołodziej”. Z Auschwitz został przewieziony 4 maja 1941 do obozu koncentracyjnego KL Dachau, gdzie nadano mu numer obozowy 25290.