Odkryte po 2003 skamieniałości pozwoliły Jerzemu Dzikowi i Tomaszowi Sulejowi na dokładniejsze zbadanie okolicy krzyżowej i czaszki zwierzęcia. Na ich podstawie, jak również budowy kręgów, uznali silezaura za wczesnego roślinożernego dinozaura mającego wiele cech wspólnych z ptasiomiednicznymi. Analiza kladystyczna przeprowadzona przez Ezcurrę (2006) potwierdziła jednak wyniki wcześniejszego badania Langera i Bentona – silezaur znajdował się na kladogramie pomiędzy Marasuchus a Eucoelophysis. Badania wykonane przez Sterlinga Nesbitta i współpracowników (2007 i 2009) przyniosły podobne rezultaty – Silesaurus był według nich taksonem siostrzanym eucelofyza, wraz z którym tworzył klad siostrzany wobec dinozaurów. Również analiza Richarda Butlera i współpracowników (2008) klasyfikowała silezaura poza grupą Dinosauria. Zęby silezaura i technozaura, niewielkiego roślinożernego archozaura, klasyfikowanego niegdyś jako dinozaur ptasiomiedniczny, wykazują wiele cech wspólnych i mogą sugerować podobieństwa pomiędzy przedstawicielami tych rodzajów. Jorge Ferigolo i Max Langer wskazali na budowę szczęk jako cechę mogącą świadczyć o bliskim pokrewieństwie silezaura i Sacisaurus – ich zdaniem oba te rodzaje mogą być najbardziej bazalnymi spośród znanych dinozaurów ptasiomiednicznych.