Próba ta skończyła się jego aresztowaniem i osadzeniem na okres prawie trzech miesięcy w więzieniu w Katowicach. Po zwolnieniu z więzienia, podjął on pracę na terenie Generalnego Gubernatorstwa w charakterze ekonomisty, w różnych majątkach ziemskich.
Lata powojenne, osiągnięcia naukowe i dydaktyczne Po powrocie do Poznania pracował w Akademii Handlowej – późniejszej Wyższej Szkole Ekonomicznej w Poznaniu, przemianowanej na Akademię Ekonomiczną. W 1955 uzyskał stanowisko docenta, w 1958 nominację na profesora nadzwyczajnego, a w 1964 tytuł profesora zwyczajnego. Pełnił funkcje prorektora oraz rektora Akademii Ekonomicznej (w latach 1959/1960-1961/1962). W 1986 roku otrzymał tytuł doktora honoris causa Akademii Ekonomicznej. Pełnił zaszczytne funkcje w Polskim Towarzystwie Ekonomicznym (w latach 1955-1962 pełnił funkcję prezesa Zarządu Oddziału Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego w Poznaniu), Poznańskim Towarzystwie Przyjaciół Nauk (był jego honorowym członkiem i prezesem w latach 1981–1987) i w Towarzystwie Miłośników Miasta Poznania im. Cyryla Ratajskiego (był jego wiceprezesem i honorowym członkiem). Społecznikostwo prof. Zakrzewskiego obejmowało ponadto działalność w Klubie Inteligencji Katolickiej w Poznaniu (współzałożyciel i prezes), oraz w redakcji czasopisma "Zdrowie i Trzeźwość" (członek redakcji) propagującego m.in.