W XVIII w. roszczenia do panowania w regionie zaczęła wysuwać Rosja, czego efektem był szereg wojen rosyjsko-tureckich. W efekcie jednej z nich w 1812 wschodnia część Hospodarstwa Mołdawskiego Besarabia, jako teren lenny imperium osmańskiego, została przyłączona do Rosji. Do Rosji wówczas przyłączono także zamieszkały przez Mołdawian Budziak, stanowiący dotąd bezpośrednią część Turcji.
Dzieje Besarabii toczyły się odtąd odmiennie od zachodniej części państwa, gdzie w latach 1859–1866 doszło do zjednoczenia z Hospodarstwem Wołoskim, co stanowiło podstawę utworzenia nowoczesnego państwa rumuńskiego. Na terenach przyłączonych do Rosji utworzono obwód besarabski przekształcony w 1873 roku w gubernię besarabską. Terytorium Besarabii (w dużej mierze pokrywające się z terenem dzisiejszego państwa mołdawskiego) wraz z głównymi miastami: Kiszyniowem, Bielcami i Benderami (Tighiną) przez cały XIX wiek stanowiło część Imperium Rosyjskiego (guberni besarabskiej, podolskiej i odeskiej), choć pretensje do tych terenów zgłaszała Rumunia.