25 stycznia 1993 roku powierzył swojej żonie Hillary Clinton przewodnictwo nad specjalną grupą zadaniową do spraw reformy opieki zdrowotnej. We wrześniu prezydent przyjął opracowany plan. Przewidywał on powszechną opiekę zdrowotną dla wszystkich obywateli i legalnie przebywających cudzoziemców. Pracodawcy mieli pokrywać 80% kosztów leczenia pracowników. Według sondażu przeprowadzonego dla tygodnika Time, propozycje popierało 57% Amerykanów. Plan został wyceniony na 350 miliardów dolarów w ciągu siedmiu lat, a środki na niego miały pochodzić między innymi z opodatkowanego tytoniu oraz ograniczenia wydatków na Medicare i Medicaid. 19 lipca 1994 roku zadeklarował, że przyjmie każdy kompromis z parlamentem, który zapewni 95% Amerykanów dostęp do opieki medycznej. Dlatego zrezygnował ze swojego pierwotnego projektu reformy służby zdrowia na rzecz projektu ustawy senatora George Mitchella. Żaden z planów nie został jednak przedstawiony Kongresowi, ponieważ nie udało się pozyskać większości wystarczającej do przegłosowania ustaw.
W 1998 roku zwrócił się do Kongresu o uchwalenie karty praw pacjenta, rozszerzającej uprawnienia 150 milionów Amerykanów w dostępie do służby zdrowia.