W niektórych przypadkach superkomputery nie są najefektywniejszym rozwiązaniem i stosuje się rozwiązania alternatywne.
Projekty internetowe thumb|Logo Folding@home thumb|Logo BOINC
Istnieje szereg problemów obliczeniowych, które można podzielić na wiele niezależnych, mniejszych zadań do wykonania. Takie problemy można rozwiązywać przy użyciu dużej ilości zwykłych komputerów, podłączonych do Internetu. Powstało kilka projektów działających na tej zasadzie. Uczestnicy takich projektów ściągają na swoje komputery odpowiedni program, który uruchamia się w czasie, gdy komputer nie jest wykorzystywany i wykonuje zadania zlecone przez system zarządzający. W największych takich projektach biorą udział setki tysięcy ochotników, tworząc wirtualne superkomputery przewyższające wydajnością największe pojedyncze maszyny. Największe takie projekty to: