Powstawanie utworu Knowles wybrała się do Miami, by tam, wraz z kanadyjskim producentem Scottem Storchem, rozpocząć prace nad albumem Dangerously in Love. Napisali wtedy z pomocą Roberta Wallera i Jaya-Z „Baby Boy”. W piosence pojawia się wers „We steppin' in hotter this year”, który został zapożyczony z utworu „No Fear” hip hopowej grupy O.G.C.
Gdy utwór był gotowy Knowles wpadła na pomysł, że byłoby doskonale, gdyby jamajski artysta Sean Paul miał w nim udział. Dlatego skontaktowała się z nim, pytając o możliwość współpracyJigga Who? Beyonce Shares Fantasies With Sean Paul On 'Bonnie & Clyde' Sequel. Sean entuzjastycznie przyjął propozycję i przyleciał do Miami z Jamajki, by nagrać swoją część. Jego toasting został dodany do utworu, a nagrywanie „Baby Boy” zakończyło się w marcu 2003, podczas ostatnich etapów kompletowania albumu.