Należał także do władz Światowej Organizacji Syjonistycznej. Działał w wielu organizacjach, był m.in. dyrektorem Funduszu Odbudowy Palestyny na Polskę, w latach 1926–1929 współpracował z Żydowskim Instytutem Naukowym. W 1928 stał się wykładowcą w stopniu docenta w Instytucie Nauk Judaistycznych oraz otrzymał posadę dyrektora Żydowskiego Domu Akademickiego.
W czasie II wojny światowej przebywał w warszawskim getcie. Pracował w archiwum Judenratu, przewodniczył Komitetowi Żydowskiej Samopomocy Społecznej, działał w jidyszowym JIKOR (Jidisze Kultur Organizacje) i hebrajskim „Tkumie” (Odrodzenie).
Był mężem Marii, z którą miał córki Rut i Annę Szoszanę oraz syna Teodora, który we wrześniu 1939 zaginął bez wieści.
W czasie powstania w getcie warszawskim został wywieziony wraz z rodziną do obozu koncentracyjnego na Majdanku. Żonę i córki od razu po przyjeździe do obozu zagazowano, natomiast Ignacy Schiper wg różnych relacji świadków zmarł z wycieńczenia 10 czerwca 1943, w lipcu 1943 albo został rozstrzelany w czasie wielkiej akcji likwidacyjnej wszystkich podobozów, tj. 5 listopada 1943.
Powszechnie uchodził za znawcę historii gospodarczej i stosunków handlowych polsko-żydowskich.