Latem 1961 razem z Williamem Griffithem opublikował w Foreign Affairs artykuł Peaceful Engagement in Eastern Europe, w którym kolejny raz przedstawił swoją strategię stopniowego przekształcania krajów Europy Wschodniej w państwa neutralne i demokratyczne, a przy tym niezależne od ZSRR. W październiku 1961 został natomiast dyrektorem nowo utworzonego na Columbii Instytutu Badań nad Komunizmem. Jego asystentami byli m.in. Charles Gati i Toby Gati, a wśród studentów Madeleine Albright oraz William Odom (który w administracji J. Cartera zostanie asystentem Brzezińskiego ds. militarnych).

W 1964 opublikował razem z Samuelem Huntingtonem książkę Political Power: USA/USSR, w której odrzucił popularne na lewicy tezy o potencjalnym zbliżeniu się Stanów Zjednoczonych i Związku Radzieckiego jako państw „uprzemysłowionych”. Sam uważał wówczas, że ZSRR wchodzi w epokę stagnacji i upadku, a także jest za słaby, aby podjąć działania w celu dominacji nad światem. Od połowy lat 60. występował często jako komentator w dyskusjach telewizyjnych, w tym charakterze bronił m.in. decyzji o zaangażowaniu w wojnę wietnamską. W 1965 opublikował pracę Alternative to Partition.