Do Morza Bałtyckiego wpływa około 250 rzek, z których największe to: Wisła, Odra, Newa, Kemi, Niemen, Lule, Gota, Ångerman i Dźwina. Wody te parują w podobnym tempie jak woda akwenu, do którego należy zlewisko. +rzekadługość[km]średni przepływ u ujścia[m³/s]powierzchnia zlewni[km²]Wisła10471046194 424Odra854535118 861Newa742510281 000Kemi55055651 400Niemen93761698 200Lule46151525 200Gota9357550 229Ångerman46050031 864Dźwina102067887 900 Niskie zasolenie Bałtyku spowodowane jest względnie niskimi temperaturami i związanym z tym mniejszym tempem parowania wody w obszarze szerokości geograficznych akwenu. Przykładem morza, w którym parowanie jest bardzo intensywne i zwiększa zasolenie do ok. 40‰, jest Morze Śródziemne, jak we wszystkich wodach tego zakresu szerokości geograficznej.
Ponieważ woda słona jest gęstsza od słodkiej, dno Morza Bałtyckiego jest bardziej zasolone niż jego powierzchnia. Powoduje to pionowe zróżnicowanie kolumny wodnej, czyli haloklinę, która stanowi barierę dla wymiany tlenu i składników odżywczych, sprzyjając powstaniu zupełnie odrębnych środowisk morskich.