Po wyborze Woodrowa Wilsona na prezydenta Henry Morgenthau został w 1913 roku mianowany ambasadorem U.S.A. w Konstantynopolu. W czasie jego misji w Turcji doszło do rzezi Ormian (1915). Ocenia się, że zginęło wtedy w Turcji 1,5 miliona osób, bądź to w wyniku masowych morderstw, bądź w wyniku przymusowych przesiedleń i zagłodzenia. W opublikowanej potem książce Ambassador Morgenthau's Story Morgenthau zawarł m.in. jedną z pierwszych relacji na ten temat.
Przed wyborami prezydenckimi 1916 roku Henry Morgenthau Senior powrócił do Stanów Zjednoczonych i był ponownie skarbnikiem Narodowego Komitetu wyborczego Demokratów. Po ponownym wyborze Woodrowa Wilsona na prezydenta Morgenthau pracował w Departamencie Stanu, gdzie był specjalistą od Bliskiego Wschodu.
Latem 1919 roku Henry Morgenthau Senior stanął na czele amerykańskiej misji rządowej, mającej na celu zbadanie traktowania Żydów w Polsce. W skład komisji wchodzili m.in. oficerowie amerykańscy i angielscy. Wyniki badań misji zostały opublikowane 3 października 1919 roku jako tzw. Raport Morgenthaua.
Uczestniczył w paryskiej konferencji pokojowej 1919–1920.
Był ojcem amerykańskiego polityka Henry’ego Morgenthaua (juniora).
Linki zewnętrzne Ambassador Morgenthau's Story na stronach archiwum World War I Document Archive .
Kategoria:Amerykańscy dyplomaci Kategoria:Amerykańscy przedsiębiorcy Kategoria:Urodzeni w 1856 Kategoria:Zmarli w 1946