W styczniu 1995 został mianowany wicepremierem w gabinecie premiera Ntsu Mokhehle, zachowując jednocześnie tekę ministra edukacji"Mosisili Appointed Deputy Prime Minister", TRC, 31 marca 1995.. 20 lipca 1995 objął stanowisko wicepremiera i ministra spraw wewnętrznych i rządu lokalnego"Cabinet Reshuffle", TRC, 20 lipca 1995.. W 1997 z Partii Kongresu Basutho wystąpił premier Mokhekhe, który powołał nowe ugrupowanie, Kongres Lesotho na rzecz Demokracji (LCD, Lesotho Congress for Democracy). 21 lutego 1998 Mosisili został wybrany przewodniczącym LCD po tym, jak Mokhekhe zrezygnował z przywództwa ze względów zdrowotnych"Lesotho Congress for Democracy Vacillates Before Electing New Leader", TRC, 31 marca 1998..
Premier Po zwycięstwie Kongresu Lesotho na rzecz Demokracji w wyborach parlamentarnych w marcu 1998, Mosisii został oskarżony o fałszowanie wyników głosowania. W kraju odbyły się wówczas masowe protesty partii opozycyjnych, zakończone okupacją siedziby szefa rządu. W obliczu niepokojów społecznych, policja i król starali się nie dopuścić Mosisilego do władzy. Ten zwrócił się wówczas do państw Wspólnoty Rozwoju Afryki Południowej z prośbą o wsparcie, aby zapobiec nadciągającemu zamachowi stanu. 29 maja 1998 Mosisili został zaprzysiężony na stanowisku premiera Lesotho.