Przeprowadził się wówczas do podwarszawskiego Milanówka.

Po wojnie na krótko powrócił do pracy dydaktycznej, wykładając na UW, w Szkole Głównej Handlowej i w Szkole Nauk Politycznych. Od października 1945 równolegle pełnił funkcję wicedyrektora Biura do spraw Repatriacji w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. W grudniu 1946 zamieszkał w Poznaniu, by z inicjatywy Zygmunta Wojciechowskiego oraz przy poparciu Kazimierza Tymienieckiego i Adama Skałkowskiego podjąć pracę naukową. W styczniu 1947 rozpoczął wykłady z historii stosunków międzynarodowych XIX i XX wieku na Wydziale Prawno-Ekonomicznym Uniwersytetu Poznańskiego. W tym samym roku objął kierownictwo Studium Niemcoznawczego w Instytucie Zachodnim, a w 1948 Katedrę Historii Powszechnej Nowożytnej na Uniwersytecie Poznańskim. W pierwszej połowie lat pięćdziesiątych jego prace z historii Niemiec uznawano za niewłaściwe z punktu widzenia władz i rozważano usunięcie go z pracy w Instytucie Zachodnim – ostatecznie do kroku tego nie doszło, jednak działalność dziejopisarska Pajewskiego w tym okresie była ograniczona. Od końca lat 50. wznowił publikował przede wszystkim na temat imperializmu niemieckiego oraz historii Polski w XIX i w XX wieku. Napisał też syntezę historii powszechnej XIX w.