Później opublikował fundamentalną Pierwszą wojnę światową oraz Budowę Drugiej Rzeczypospolitej.
Od 1977 doktor honoris causa Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza oraz Université des Sciences Humaines w Strasburgu.
Wypromował pięćdziesięciu trzech doktorów.
Uczniowie Do uczniów Janusza Pajewskiego należą m.in.: Antoni Wójcicki, Zygmunt Boras, Antoni Czubiński, Kazimierz Dopierała, Bogusław Drewniak, Janusz Faryś, Edward Jokiel, Jerzy Krasuski, Waldemar Łazuga, Aleksandra Kosicka-Pajewska, Witold Mazurczak, Krzysztof Marchlewicz, Stanisław Nawrocki, Danuta Płygawko, Tomasz Schramm, Maciej Serwański, Zdzisław Wroniak, Marian Wilk, Andrzej Zarzycki.
Obszary badawcze stosunki polsko-węgierskio-tureckie w XVI wieku niemcoznawstwo II Rzeczpospolita I wojna światowa
mały|240px|Grób Janusza Pajewskiego na cmentarzu św. Jana Vianneya w Poznaniu Życie prywatne W 1937 Janusz Pajewski poślubił Kazimierę z domu Nehring (zm. 1972), poznaną w trakcie studiów, która w marcu 1938 urodziła córkę Krystynę (zm. 2020). Do rodziny należy również prof. UAM dr hab. Aleksandra Kosicka-Pajewska, historyk, filolog.
Zmarł w domu na Podolanach, pochowany na cmentarzu św. Jana Vianneya w Poznaniu (kwatera św. Barbary-31-38).