Pod koniec lat pięćdziesiątych XX w. na polecenie towarzysza Chruszczowa A. Szelepin niejawnie badał sprawę zbrodni katyńskiej na Polakach i po wykonaniu kwerendy przechowywanych przez NKWD, a potem przez KGB dokumentów, w przedstawionej niejawnej notatce służbowej nr N-632-Sz (Н-632-Ш) z 3 marca 1959 zaproponował zniszczenie 21 857 teczek osobowych zamordowanych Polaków – jak się wyraził osób byłej Polski burżuazyjnej – jako nieprzydatnych zarówno operacyjnie, jak i historycznie, a zachowanie jedynie głównych dokumentów mieszczących się w oddzielnej, niewielkiej teczce. Propozycja została zatwierdzona i wykonana, a teczka otrzymała nazwę specjalnej teczki nr 1, i jako jedna z najważniejszych tajemnic ZSRR wchodziła do wydzielonego, specjalnego zbioru dokumentów dostępnych wyłącznie przywódcy KPZR i przekazywanych mu przy objęciu władzy.
A. Szelepin odszedł z KGB w 1961, ale nie stracił nad nim kontroli, objął bowiem funkcję przewodniczącego nowo utworzonej i dysponującej szerokimi uprawnieniami partyjno-państwowej komisji kontroli wszystkich służb specjalnych.