Konflikt Hamasu z Fatahem Polityka Hamasu doprowadziła do wewnętrznego konfliktu w samej Autonomii. Konflikt premiera z prezydentem Mahmudem Abbasem, reprezentującym umiarkowaną partię Fatah, rozpostarł się na cały kraj. Od marca do grudnia 2006 dochodziło do lokalnych konfliktów i bójek pomiędzy zbrojnymi ramionami obu ugrupowań. Walki na większą skalę wybuchły po 15 grudnia 2006, gdy palestyńskie służby bezpieczeństwa ostrzelały wiec Hamasu w Ramallah. Tego samego dnia prezydent Mahmud Abbas wezwał do przeprowadzenia wcześniejszych wyborów parlamentarnych, czemu kategorycznie sprzeciwił się Hanijja.
W lutym 2007 Hanijja i Abbas spotkali się na rozmowach pokojowych w Mekce w Arabii Saudyjskiej. Rozmowy zakończyły się porozumieniem, które zakładało zaprzestanie walk oraz powołanie nowego rządu jedności narodowej, złożonego z członków Hamasu i Fatahu. 15 lutego 2007 Isma’il Hanijja przedstawił rezygnację ze stanowiska premiera prezydentowi Abbasowi, a ten powierzył mu misję sformowania nowego gabinetu. 18 marca 2007 Hanijja został zaprzysiężony jako szef nowego rządu.
Między dwoma ugrupowaniami doszło jednak do nowego konfliktu, który 7 czerwca 2007 przerodził się w walki zbrojne. W wyniku tygodniowych walk Hamas przejął całkowitą kontrolę nad Strefą Gazy.