Hanijja pełnił funkcję szefa Biura Politycznego Hamasu do swojej śmierci w 2024.

7 października 2023 Hamas dokonał najbardziej śmiercionośnego ataku na Izrael w historii konfliktu Palestyńczyków z tym państwem, w którym, według izraelskich władz, zginęło 1139 osób, zaś 253 zostały i który przerodził się w regularną wojnę między Izraelem a Hamasem w Strefie Gazy. Późniejsze materiały filmowe pokazywały Hanijję w jego biurze w katarskiej Dosze (miasto to było jego miejscem zamieszkania od kilku lat), na którym wraz z innymi wyższymi rangą członkami Hamasu okazywał zadowolenie i modlił się przed telewizorem, na którym emitowane były informacje o przebiegu ataku na Izrael. Niedługo później Hanijja wygłosił w mediach przemówienie, w którym wychwalał sprawców ataku, a jego przeprowadzenie uzasadniał m.in. koniecznością wyzwolenia „Al-Kuds (Jerozolimy), naszej ziemi, naszego ludu i przetrzymywanych w więzieniach syjonistycznej okupacji” oraz „najechaniem” przez Izraelczyków meczetu Al-Aksa w Al-Kuds i sianiem w nim „zepsucia”.