W tym okresie „bronił wywalczonej przez „Solidarność” autonomii uczelni”.

Współpracował blisko z Polskim Instytutem Historycznym w Rzymie i Karoliną Lanckorońską.

Był jednym z organizatorów odradzającej się po 1989 roku Polskiej Akademii Umiejętności. W latach 1994–2015 był sekretarzem generalnym PAU, zaś w latach 2015–2018 delegatem Walnego Zgromadzenia PAU. Był członkiem Rady Naukowej Biblioteki Naukowej PAU i PAN w Krakowie, członkiem Rady Naukowej Archiwum Nauki PAN i PAU w Krakowie, członkiem Rady Naukowej i Komitetu Redakcyjnego Polskiego Słownika Biograficznego.

W latach 1980–2015 był prezesem Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa. Był członkiem zarządu Kasy im. Józefa Mianowskiego – Fundacji Popierania Nauki. Był członkiem Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów, a także członkiem rady Muzeum Historycznego Miasta Krakowa.

Zmarł 2 listopada 2018. Został pochowany 9 listopada 2018 w nowej alei zasłużonych cmentarza Rakowickiego w Krakowie.