Również wtedy główni bohaterowie zaczynają sobie uświadamiać, że nie są sami, że istnieją także inni. W dalszych odcinkach fabuła skupia się wokół pytania jaką rolę odegrają poszczególni bohaterowie w powstrzymaniu katastrofy. W Polsce sezon pierwszy emitowany był przez TVP1.
Część Druga: Pokolenia Premierowy odcinek wyemitowany 24 września 2007. Kolejne od 1 października do 3 grudnia 2007. Sezon ten liczy tylko 11 odcinków (produkcja została wstrzymana ze względu na strajk scenarzystów). Akcja serialu rozpoczyna się 4 miesiące po wydarzeniach na „Kirby Plaza” (zakończenie odcinka „Jak powstrzymać człowieka- bombę?). Nazwa tytułowa „Pokolenie” dotyczy Firmy i prowadzonych przez nią badań nad wirusem Shanti. Zarażeni są m.in. Haitańczyk, Nikki Sanders i Sylar. Mohinder Suresh zaczyna współpracować z Firmą. Ando Masahashi stara się dowiedzieć, co stało się z Hiro, który tymczasem przeniósł się w odległą przeszłość do Japonii, gdzie tam spotkał bohatera ze swojego dzieciństwa. Pojawiają się także nowi bohaterowie. Maya i Alejandro usiłują nielegalnie dostać się do USA. Mają nadzieję, że tam znajdą lekarstwo na „chorobę” Mayi. Dziewczyna posiada zdolność zabicia wszystkich ludzi znajdujących się w pobliżu, z wyjątkiem jej brata. Ten jest w stanie powstrzymać siostrę i przywrócić do życia jej ofiary.