Był członkiem Polskiej Akademii Umiejętności.
Życie prywatne W 1880 roku zmarł jego ojciec, co wywołało ciężką sytuację materialną rodziny. Był to czas studiów na Politechnice Lwowskiej. Zubrzycki musiał więc podejmować pracę zarobkową, żeby mógł kontynuować studia. W 1886 roku Jan poślubił we Lwowie Łucję z Olewińskich i zamieszkali w Krakowie. W 1888 roku urodził im się syn, Ludomir Marceli. W Krakowie rodzina mieszkała na ulicy Jana Sobieskiego 23. W 1890 roku zmarła jego żona, została pochowana na cmentarzu Rakowickim. W 1891 roku ożenił się powtórnie z siostrą zmarłej żony, Julią. W 1893 roku urodziła im się córka Łucja. W 1896 roku zmarła matka Zubrzyckiego, została pochowana na cmentarzu Rakowickim. W 1897 roku wybudował własną kamienicę przy ulicy Kilińskiego 4 (obecnie aleja Słowackiego 7), gdzie zamieszkała rodzina architekta. W 1901 roku wybudował też swoją willę przy ulicy Krakowskiej 149 w Zabierzowie, gdzie Zubrzyccy spędzali wolny czas. W 1909 roku jego syn zmarł na gruźlicę, pochowany został na cmentarzu Rakowickim, razem z mamą i babcią. W 1912 roku Zubrzyccy przeprowadzili się na stałe do Lwowa. W 1913 roku kupili dom w centrum miasta, Zubrzycki przeprowadził jego remont. Po wybuchu I wojny światowej w 1914 roku wyjechali do Krosna a następnie do Wiednia.