„Drugi szereg” (1992 r.), „Fachowcy” (2007 r.) oraz filmów dokumentalnych, m.in.: „Zastraszyć księdza” (2006 r., współpraca: Ewa Nowicka), „Maciej Słomczyński” (2007 r.), „Władysław Broniewski” (2008 r.), „Pod prąd” (2009 r.).
Publikował m.in. w „Newsweeku”, „Tygodniku Powszechnym”, „Pressjach”.
Po emisji reportażu „Drugi szereg” ujawniającego kulisy napaści milicyjnych bojówek na uczestników pochodu patriotycznego w dniu 3 maja 1987 pod Wawelem został oskarżony z urzędu o ujawnienie nazwiska jednego z napastników, służącego wówczas w policji. Stanął przed sądem karnym. Sprawę umorzono ze względu na „działanie oskarżonego z wyższych pobudek”.
Po emisji filmu „Zastraszyć księdza” opisującego na kanwie historii ks. Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego mechanizmy działania IV Wydziału Służby Bezpieczeństwa, były oficer SB Kazimierz Aleksanderek groził Gawlikowskiemu śmiercią za emisję fragmentów nagrania rozmowy na temat walki SB z Kościołem oraz współdziałania SB i KGB w WatykanieMichał Olszewski – Pogróżki po filmie o krakowskiej SB (Gazeta Wyborcza z 4 kwietnia 2006).. Aleksanderek został oskarżony przez prokuraturę za groźby karalne i skazany prawomocnym wyrokiem.