Spośród 683 postawionych przed sądem wojennym powołanym przez generał gubernatora Michaiła Korsakowa, 255 osób uniewinniono, a 418 skazano. Spośród nich 197 powstańców miało przebywać na zesłaniu do śmierci (objęły ich amnestie w 1873 i 1881 roku). 19 listopada 1866 ogłoszono wyrok, na mocy którego na karę śmierci skazano siedmiu przywódców powstania. Ostatecznie rozstrzelano jedynie czterech z nich: Narcyza Celińskiego, Gustawa Szaramowicza, Władysława Kotkowskiego i Jakuba Reinera.
Przed wykonaniem wyroku skazańcy napisali listy do swoich rodzin. Listy te jednak nigdy nie dotarły do adresatów. Władze rosyjskie wysłały je najpierw do Petersburga, gdzie Aleksander II wydał polecenie niedoręczenia ich osobom, dla których były przeznaczoneNiektóre listy opublikowano w roku 1963 w „Przeglądzie Historycznym”, Henryk Skok. Powstanie polskich zesłańców za Bajkałem w 1866 r.. „Przegląd Historyczny”. LIV (2), s. 244–269, 1963..
Wyroki śmierci wykonano 27 listopada 1866 w Irkucku na przedmieściu Uszakowka, za rogatką „jakucką”, u podnóża gór w pobliżu rzeki Angary. Ostatniej posługi udzielił powstańcom ksiądz Krzysztof Szwernicki, proboszcz katolicki parafii irkuckiej, również zesłaniec.