Traktaty pomiędzy białymi osadnikami a Siuksami oraz Odżibwejami stopniowo narzuciły Indianom porzucenie ich ziem na rzecz mniejszych rezerwatów. Pogarszające się warunki Siuksów doprowadziły do wybuchu w 1862 r. powstania Santee Dakotów. Rezultatem sześciotygodniowej wojny, której ofiarami było kilkuset białych osadników, a także wielu żołnierzy i Indian, była egzekucja 38 Indian – największa masowa egzekucja w historii Stanów Zjednoczonych – oraz zesłanie większości z pozostałych Siuksów do rezerwatu Crow Creek w Nebrasce.
thumb|Fort Snelling odegrał kluczową rolę w historii Minnesoty oraz rozwoju Minneapolis i Saint Paul
Wycinanie lasów oraz rolnictwo były podstawą zalążków gospodarki w stanie. Tartaki nad wodospadem Saint Anthony i ośrodki drwali, takie jak Marine on St. Croix, Stillwater czy Winona, przetwarzały olbrzymie ilości budulca. Miasta te, jako położone nad rzekami, miały idealne warunki transportowe. W późniejszych latach wodospad Saint Anthony zaczęto wykorzystywać jako źródło energii dla młyna wodnego. Innowacje miejscowych młynarzy doprowadziły do wyprodukowania „patentowej” mąki Minnesota, prawie dwukrotnie przewyższającą ceną zwykłą mąkę, którą zastąpiła. W 1900 r.