W granicach Minnesoty mieści się w przybliżeniu 10,6 mln akrów (42 900 km²) terenów podmokłych, więcej niż w jakimkolwiek stanie prócz Alaski.
Fauna i flora Trzy północnoamerykańskie biomy spotykają się w Minnesocie: trawiasta preria w południowo-zachodniej oraz zachodniej części stanu, lasy liściaste (tzw. Big Woods) na południowym wschodzie oraz północna tajga. Północne lasy iglaste to bezludne przestrzenie porośnięte świerkami i sosnami, wymieszanymi z niejednorodnymi skupiskami topoli i brzóz. Wiele z lasów północnych w Minnesocie zostało wyciętych, pozostawiono jedynie skrawki starych ekosystemów w obszarach takich jak Las Narodowy Chippewa lub Las Narodowy Superior, w którym znajduje się z 1600 km² niewyciętych lasów. Wycinka jest kontynuowana i dotyczy około jednej trzeciej lasów stanowych. Pomimo utraty naturalnych siedlisk, populacje zwierząt takich jak: kuna świerkowa, wapiti, bizon amerykański, mulak białoogonowy, ryś rudy rozwijają się dobrze. W Minnesocie znajduje się największa poza Alaską populacja wilka oraz utrzymuje się na zdrowym poziomie liczba niedźwiedzi czarnych i łosi. Stan usytuowany jest na szlaku migracyjnym ptaków wzdłuż rzeki Missisipi, Minnesota jest gospodarzem migracji ptactwa wodnego (kaczki, gęsi) oraz grzebiącego (bażanty, głuszcowate, indyki).