Podział systematyczny Zaliczane do rodzaju Cervus jelenie i sambary były w tradycyjnej klasyfikacji dzielone na podrodzaje Rusa, Rucervus, Sika i Cervus, w nowszych klasyfikacjach zostały podniesione do rangi rodzajów. Według tej klasyfikacji w rodzaju Cervus pozostały dwa gatunki: Cervus elaphus (jeleń szlachetny) i Cervus nippon (jeleń wschodni, sika). Dalsze badania wykazały wyraźne różnice występujące pomiędzy licznymi podgatunkami jelenia szlachetnego. Północnoamerykańskie i syberyjskie podgatunki określane jako wapiti zostały zgodnie uznane przez badaczy za odrębny gatunek Cervus canadensis. Analiza filogenezy przeprowadzona dla 50 populacji większości żyjących gatunków i podgatunków z rodzaju Cervus wykazała, że w Europie, zachodniej Azji i północnej Afryce (grupa zachodnia) występuje Cervus elaphus, natomiast we wschodniej i północnej Azji oraz Ameryce Północnej (grupa wschodnia) – Cervus canadensis. Nie zostały potwierdzone hipotezy o istnieniu jednego gatunku jelenia z licznymi, szeroko rozprzestrzenionymi podgatunkami. Pierwsi prawdziwi przedstawiciele rodzaju Cervus pojawili się prawdopodobnie w Azji Środkowej, a następnie w Europie we wczesnym pliocenie około 3,5 miliona lat temu.