Budżet Wydatki i dochody Służby Kontrwywiadu Wojskowego są realizowane w części 29 budżetu państwaObwieszczenie Ministra Finansów z dnia 30 czerwca 2016 r. w sprawie ogłoszenia jednolitego tekstu rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie klasyfikacji części budżetowych oraz określenia ich dysponentów ()..
Koszty realizacji działań SKW, w zakresie których – ze względu na wyłączenie ich jawności – nie mogą być stosowane przepisy o finansach publicznych, rachunkowości i zamówieniach publicznych, są finansowane z utworzonego na ten cel funduszu operacyjnego.
Na rok 2023 budżet został zaplanowany w wysokości 481 923 tys. złUstawa budżetowa na rok 2023 z dnia 15 grudnia 2022 r. ()..
Budżet w latach 2007–2022Ustawa Budżetowa na rok 2007 z dnia 25 stycznia 2007 r. ().Ustawa budżetowa na rok 2008 z dnia 23 stycznia 2008 r. ().Ustawa z dnia 17 lipca 2009 r. o zmianie ustawy budżetowej na rok 2009 ().Ustawa budżetowa na rok 2010 z dnia 22 stycznia 2010 r. ().Ustawa budżetowa na rok 2011 z dnia 20 stycznia 2011 r. ().Ustawa budżetowa na rok 2012 z dnia 2 marca 2012 r. ().Ustawa z dnia 27 września 2013 r. o zmianie ustawy budżetowej na rok 2013 ().Ustawa budżetowa na rok 2014 z dnia 24 stycznia 2014 r. ().Ustawa z dnia 16 grudnia 2015 r. o zmianie ustawy budżetowej na rok 2015 ().Ustawa z dnia 15 grudnia 2016 r.