418-421..
Kwestia tajności Towarzystwa Filomatów Związek wileńskich studentów, na początku funkcjonowania, nie miał charakteru konspiracyjnego. Tajność miała zapewnić członkom izolację od świata zewnętrznego, od świata dorosłych i rówieśników, którzy nie zrozumieliby wzniosłych ideałów filomackich. Wraz z podjęciem kwestii narodowych oraz z wyznaczeniem związkowi celów patriotycznych charakter tajności zmienił się. Od tej pory towarzystwo zmuszone było do zachowywania wszelkich czynności w tajemnicy, gdyż prowadzona przez nie działalność oświecania społecznego i kultywowania tradycji była zakazana przez władze carskieWybór pism..., s. CII-CVII..
Kres istnienia Towarzystwa Filomatów Towarzystwo Filomatów zostało odkryte w lutym 1824 r. w trakcie śledztwa Nikołaja Nowosilcowa w sprawie tajnego ruchu studenckiego na Uniwersytecie Wileńskim. W wyniku procesu dziesięciu filomatów, będących nauczycielami, zostało zesłanych do guberni rosyjskich na czas nieokreślony, gdzie zostali oddani do dyspozycji Ministra Spraw Duchownych i OświeceniaWybór pism..., s. 367.. Tomasz Zan z uwagi na to, że wziął na siebie całą odpowiedzialność za powstanie i kierowanie Związkami Filomatów i Filaretów został skazany na roczny pobyt w twierdzy.