thumb|Mikrotom Microm HM 200 thumb|Mikrotom mechaniczny
Mikrotom – przyrząd służący do cięcia preparatów biologicznych na bardzo cienkie skrawki do obserwacji mikroskopowej. Mikrotomy mogą być całkowicie mechaniczne, lub półautomatyczne, gdzie wszelkie ustawienia i ruch ostrza są kierowane przez operatora, lub też bardzo zaawansowane, sterowane komputerowo, gdzie wszystkim zawiadują podzespoły elektroniczne. Większość mikrotomów ma stalowe ostrza, ale są też mikrotomy z ostrzem szklanym, powstałym z przełamania bloczku szklanego czy z ostrzem diamentowym. W mikrotomach stosuje się też cięcie laserem.
Najpopularniejsze typy i zastosowania dla mikrotomów to: Techniki histologiczne, w których tkanka podlegająca cięciu jest utwardzana poprzez wymianę w niej wody na parafinę. Następnie jest ona cięta na skrawki o grubości od 2 do 25 mikrometrów. Taki skrawek może być obserwowany bezpośrednio pod mikroskopem lub odpowiednio barwiony, zależnie od przeznaczenia. Kriosekcja, podczas której bogate w wodę próbki zamraża się (często w obecności krioprotektantów lub po zamianie w nich wody na podobne związki, w celu uniknięcia zniszczenia tkanki przez kryształy lodu), a następnie tnie na skrawki.