Po pokonaniu tych przeszkód 23 lutego 1539 Izabela została żoną Jana Zapolyi i tym samym królową Węgier. Mimo że małżonek Izabeli był od niej starszy o 32 lata, to kilka miesięcy po ślubie Izabela zaszła w ciążę. 7 lipca 1540 urodziła w Budzie syna, któremu nadano imiona na cześć ojca i dziadka – Jan Zygmunt. Król, który od kilku miesięcy przebywał w Siedmiogrodzie był w ciężkim stanie – w maju doznał udaru mózgu i miał niedowład lewej połowy ciała. Izabeli – ze względu na zaawansowaną ciążę nie przekazano złych wieści na temat zdrowia męża. Natomiast królowi wkrótce doniesiono o narodzinach syna. Jan zarządził uroczystości, w których wziął czynny udział. Spowodowało to nagłe pogorszenie się jego stanu i wkrótce – śmierć króla (22 lipca 1540).
Królowa wdowa Śmierć króla Jana była dla młodej Jagiellonki ciosem. Małżeństwo trwało zaledwie półtora roku i Izabela nie zdążyła jeszcze zdobyć na Węgrzech żadnej pozycji. Jej syn miał dopiero dwa tygodnie i według postanowień układu wielkowaradyńskiego ani ona ani mały Jan Zygmunt nie mieli prawa do korony węgierskiej. Wypełnienie postanowień traktatu okazało się jednak bardzo trudne dla każdej ze stron. Ferdynand Habsburg nie miał ani środków, ani ziem, by wypełnić ze swej strony zobowiązania wobec Izabeli.